El Consorci compta amb una estructura racionalitzada i basada en la descentralització, que es concreta en les seves 18 delegacions regionals i en una xarxa de professionals independents designats per peritar els sinistres. Un Consell d'Administració, la meitat dels membres del qual són directius de les entitats asseguradores privades més importants del mercat espanyol, té encomanada l'alta administració de la societat, mentre que el funcionament operatiu va a càrrec dels òrgans de direcció, estructurats, fonamentalment. en la Direcció General i en les direccions que en depenen: Direcció Financera, Direcció d'Operacions, Direcció de Sistemes i Tecnologies de la Informació, i Secretaria General (vegeu Serveis Centrals).